Un nouveau Digimon extrêmement puissant fait son apparition et commence à drainer les données numériques de la planète à une vitesse exponentielle. Ce Digimon internet digévolue rapidement à sa phase méga, Diabormon, prenant par la même occasion contrôle total des systèmes de communications de la terre. Il se prépare alors à lancer des missiles américains vers le Japon. Alors que le compte-à-rebours est amorcé, l'avenir de la planète repose essentiellement sur les efforts combinés d'un réseau mondial de jeunes et du nouveau méga-héro Digimon, Omnimon.