Boris Badenov et Natasha Fatale, deux espions criminels de Pottsylvanie, réussissent à percer le code secret du dispositif qui les retenait depuis plusieurs années captifs dans un univers bi-dimensionnel. De retour dans le monde réel ils s'associent avec le mécréant Fearless Leader. Rocky et Bullwinkle doivent arrêter ce trio maléfique avant qu'il ne sème la pagaille.