Inspiré de la bande dessinée du même nom du génial auteur Alan Moore, le film nous présente l'histoire d'un groupe de personnages tous tirés d'oeuvres littéraires, dont le capitaine Nemo, Allan Quatermain, l'homme invisible, Mina Murray et le docteur Jekyll, unis pour contrecarrer les activités criminelles de gens très influents à la fin du 19e siècle. Dans un effort évident d'assurer une présence américaine dans la distribution, les personnages de Tom Sawyer et Dorian Gray ont été incorporés à l'histoire qui se situe à New York.