Dans les années 1870, Le capitaine Nathan Algren (Tom Cruise), un officier américain, est engagé par l'empereur du Japon pour entraîner la première armée du pays dans l'art militaire moderne. Alors que le gouvernement japonais tente d'éradiquer la caste des samouraïs et de mettre en place des politiques occidentalisées favorisant les échanges commerciaux, Algren est ébranlé par sa confrontation aux samouraïs qui le placent au centre d'un conflit entre deux époques et deux mondes, avec comme unique guide son propre sens de l'honneur.