Cowabunga ! Les Tortues Ninja sont de retour, cette fois en images de synthèse. Mais les liens se sont distendus entre Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo. Leur gourou le rat Splinter fait tout ce qu'il peut pour maintenir un semblant de cohésion dans le groupe, d'autant qu'il sent une lourde menace planer sur New York. De fait, l'industriel Max Winter est en train de lever une armée de monstres aux fins de dominer le monde. Aidés de leurs fidèles comparses April O'Neil et Casey Jones, nos tortues vont devoir livrer la bataille de leur vie en affrontant à nouveau le mystérieux clan des "Foot", qui ont mis leurs propres techniques ninja au service des projets de Winter...