Dix ans ont passé. Anakin Skywalker (Hayden Christensen) s'est développé et est passé d'apprenti à Jedi accompli ; Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) est lui-même passé d'étudiant à maître. Les deux Jedi sont envoyés en mission de protection de Padmé Amidala (Natalie Portman) dont la vie est menacée par une faction politique de séparatistes. En même temps que des rapports se forment entre-eux et que de puissantes forces s'entrechoquent, ils feront face à des choix qui auront un impact non seulement leurs propres destins, mais sur la destinée de toute la République.